Dotata di una sobria eleganza, Villa Clerici ruota attorno a un corpo di fabbrica centrale disposto su tre livelli (piano rialzato, piano nobile e cappuccina) e alleggerito da un atrio aperto a tre campate su colonne binate. La facciata a tramontana è invece una fronte lineare, ritmata dalla teoria di finestre e caratterizzata soltanto al centro da un portale sormontato da un balcone con parapetto in ferro battuto.
Ai suoi lati due ali, alterate tra Ottocento e Novecento, culminano in due cappelle, dedicate a Sant’Antonio e Santa Teresa (realizzate rispettivamente nel 1730 circa e tra il 1756 e il 1773), e abbracciano un giardino all’italiana. Le sale inferiori, voltate, conservano ancora affreschi di fine Settecento con il Ratto di Ganimede e la Giustizia e ospitano la collezione della Galleria d’Arte Sacra dei Contemporanei.
Si segnala in particolare la Sala degli Specchi con decorazione neoclassica a grisaille vicina alla scuola dell’Albertolli. Al piano superiore, a cui si accede grazie a uno scalone monumentale con telamoni agli snodi delle rampe, simile a quello del cittadino palazzo Clerici, si alternano sale di diverse dimensioni e altezza, coperte da soffitti lignei decorati. Il salone superiore è inoltre abbellito da trompe l’oeil rappresentanti le Arti: la Pittura, l’Architettura (che in mano ha un cartiglio con un progetto di villa assai simile a quella di Niguarda), la Tragedia, la Musica, la Grammatica.